Российский Союз Евангельских христиан-баптистов объединяет церкви и объединения церквей для совместного исповедания веры и распространения Евангелия. Основой вероучения Союза является Библия – канонические книги Священного Писания.
Союз имеет следующую структуру: поместные церкви и группы образуют региональные объединения церквей, которые образуют Российский Союз евангельских христиан-баптистов.

Высшим органом управления Союза является Всероссийский Съезд представителей региональных объединений, входящих в Союз. Делегаты Съезда избираются религиозными объединениями на предсъездовских совещаниях. Съезд созывается один раз в четыре года. Съезд правомочен принимать решения по любым вопросам деятельности Союза, в том числе:
> определение основных направлений деятельности Союза;
> принятие и изменение Вероучения евангельских христиан-баптистов;
> избрание Председателя Союза, его заместителей.

В период между Съездами руководящим органом Союза является Совет Союза, состоящий из председателей региональных объединений церквей, Председателя Союза, а также его заместителей. Совет Союза созывается по мере необходимости, но не реже двух раз в год.
Руководство текущей деятельностью Союза осуществляет Председатель Союза, избираемый Съездом по представлению Совета Союза сроком на четыре года и не более чем на два срока подряд.
Заместители Председателя Союза, избираемые Съездом по представлению Совета Союза, выполняет поручения Председателя и обязанности Председателя во время его отсутствия.